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福岡県電子処方箋導入促進費補助金に係る消費税及び地方消費税の仕入控除税額報告書の提出について
補助金の受入は、消費税法上課税対象とはなりませんが、一方で補助事業の対象経費については、課税仕入として課税売上から控除（仕入税額控除）することも可能です。
このため、この補助金の受入に関する課税売上はゼロである一方で、補助事業の対象経費を課税仕入とした場合、課税事業者は消費税相当の金額の還付を受けることが可能になります。
これを国・地方公共団体からみると、補助金を交付し、かつ消費税を還付したことになり、結果として消費税相当分を２重に支払っていることになります。
このことから、標記の補助金については、「福岡県電子処方箋導入促進費補助金交付要綱」第１０条において、補助事業完了後の消費税及び地方消費税の申告により、補助金に係る消費税及び地方消費税の仕入控除税額が確定した場合、速やかに県知事に報告し、当該仕入控除税額を返還していただくこととしております。
つきましては、補助金の仕入控除税額に係る下記の提出書類を、提出していただきますようお願いします。
１ 仕入控除税額報告の対象者
この補助金の交付を受けた全ての事業者（返還額が０円の事業者でも報告は必要です。）
２ 報告の時期
仕入控除税額報告は、この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含む消費税及び地方消費税を所轄税務署に確定申告した後に行うものです。
消費税及び地方消費税の納税義務がなく、確定申告を行う必要がない事業者は、納税義務がないことがわかった時点で速やかに報告してください。
なお、仕入控除税額の報告は、令和８年６月３０日までに提出してください。
（例１）令和６年９月に交付を受けた事業者（３月決算法人、納税義務あり。）の場合
・令和７年３月の決算後、消費税及び地方消費税の確定申告を所管税務署に行った後に、県へ仕入控除税額報告書を提出
（例２）令和６年１２月に交付を受けた事業者（個人。納税義務あり。課税期間は1月1日から12月31日。）の場合
・令和７年１月以降、消費税及び地方消費税の確定申告を所管税務署に行った後に、県へ仕入控除税額報告書を提出
（例３）令和７年１月に交付を受けた事業者（１２月決算法人、納税義務あり。）の場合
・令和７年１２月の決算後、消費税及び地方消費税の確定申告を所管税務署に行った後に、県へ仕入控除税額報告書を提出
（例４）令和６年１０月に交付を受けた事業者（個人。納税義務なし。）の場合
・補助金の交付を受け、補助事業を完了したのち、消費税及び地方消費税の納税義務がないことがわかった時点で速やかに県へ仕入控除税額報告書を提出
３ 提出の流れ
ＳＴＥＰ１ 消費税及び地方消費税の納税義務が免除されるか確認する
消費税及び地方消費税の課税期間に係る基準期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者は、消費税及び地方消費税の納税義務が免除されます。（ただし、適格請求書発行事業者は、基準期間における課税売上高にかかわらず、納税義務は免除されません。）
消費税及び地方消費税の納税義務が免除されているか否か、課税売上高やこれまでの確定申告の状況などにより確認してください。
消費税及び地方消費税の納税義務が免除されている場合は、補助金の返還額は０円です。「ＳＴＥＰ３ 提出書類を作成する」に進んでください。
（参考）納税義務の免除（国税庁のホームページが新しいウィンドウで開きます。）
ＳＴＥＰ２ 課税方式を確認する
この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含む消費税及び地方消費税の確定申告書（第１表）により、確定申告の際の課税方式を確認してください。
※以下の表には、主な課税方式等の確認方法を記載しています。
| 確認事項 | 課税方式 |
|---|---|
| 右側に○簡（○の中に簡の文字）の記号が表示されている | 簡易課税方式 |
| 「税額控除に係る経過措置の適用（２割特例）」が選択されている | ２割特例方式 |
| 控除税額の計算方法の欄で「個別対応方式」が選択されている | 個別対応方式 |
| 控除税額の計算方法の欄で「一括比例配分方式」が選択されている | 一括比例配分方式 |
| 控除税額の計算方法の欄で「全額控除」が選択されている | 全額控除 |
消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）のチェックポイント [PDFファイル／1018KB]
ＳＴＥＰ３ 提出書類を確認する
「仕入控除税額報告書（様式３）」のほか、STEP1で確認した「消費税及び地方消費税の納税義務」の免除の有無やSTEP２の課税方式に応じて、提出書類を確認し、様式等の準備をしてください。
| 課税方式等 | 提出書類等 | |
| 共通 |
仕入控除税額報告書（様式３） １部 |
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| 課税方式等 |
個別対応方式 |
１ 仕入控除税額報告書別紙Ａ １部 ２ 消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）の写し １部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 【参考】消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）のチェックポイント [PDFファイル／1018KB] ３ 課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表（付表２）の写し １部 ※確定申告時に添付したもの。 |
| 一括比例配分方式 |
１ 仕入控除税額報告書別紙Ｂ １部 ２ 消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）の写し １部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 【参考】消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）のチェックポイント [PDFファイル／1018KB] ３ 課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表（付表２）の写し １部 ※確定申告時に添付したもの。 |
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| 全額控除 |
１ 仕入控除税額報告書別紙Ｃ １部 ２ 消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）の写し １部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 |
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消費税の納税義務免除者 簡易課税方式 ２割特例方式 その他、補助金の返納がない者 |
１ 仕入控除税額報告書別紙Ｄ １部 【簡易課税方式、２割特例方式の場合】 ２ 消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）の写し １部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 【参考】消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）のチェックポイント [PDFファイル／1018KB] ※上記のほか、返納がない理由に応じて別途書類が必要となる場合があります。 |
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ＳＴＥＰ４ 仕入控除税額（返納額）を計算し、仕入控除税額報告書を作成する。
【仕入控除税額報告書別紙の作成】
〇課税方式が個別対応方式・一括比例配分方式・全額控除の場合、補助金の返納が発生することがあります。
準備した「消費税及び地方消費税確定申告書（第１表）の写し」と「課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表（付表２）」を基に、「仕入控除税額報告書別紙（Ａ～Ｃ）」に必要事項を記入することで仕入控除税額（返納額）を計算してください。
※Excel版の仕入控除税額報告書を使用される場合は、青色網掛けのセルのみ入力してください。所定のセルに返納額を計算する関数をあらかじめ設定しています。
※確定申告書（第１表）や計算表（付表２）の見方については、各チェックポイントを参考にしてください。
※報告書別紙（Ａ～Ｃ）の記入方法については、各記載例を参考にしてください。
〇消費税の納税義務免除者や、簡易課税方式、２割特例方式により確定申告を行っている場合など、補助金の返納がない場合は、その理由などを「仕入控除税額報告書別紙Ｄ」に記載してください。
※報告書別紙Ｄの記入方法については、記載例を参考にしてください。
【仕入控除税額報告書（様式３）の作成】
記載例を参考に、仕入控除税額報告書（様式３）へ必要事項を記入してください。
ＳＴＥＰ５ 仕入控除税額報告書の提出
「STEP3 提出書類を確認する」を確認し、作成した書類一式を電子メール（電子メールで送付できない場合は郵送）で提出してください。
※提出前に、
・仕入控除税額報告書（様式３）（STEP3の「共通」）
・仕入控除税額報告書別紙（STEP3のA～Dいずれか）
の２種類が揃っているか確認してください。
また、「仕入控除税額報告書別紙」記載の添付資料がある場合は、併せて提出してください。
【電子メールでの提出先】
福岡県保健医療介護部薬務課（福岡県電子処方箋導入促進費補助金）
denshishohousen@pref.fukuoka.lg.jp
※タイトルは「【施設名称】仕入控除税額報告書」と記載してください。
【郵送での提出先（電子メールで送付できない場合）】
福岡県保健医療介護部薬務課 宛
〒８１２－８５７７ 福岡市博多区東公園７番７号
※封筒には、「仕入控除税額報告書在中」と朱書きしてください。
４ 仕入控除税額報告書の提出後について
【仕入控除税額（返納額）が０円の場合】
提出書類に不備等がある場合は、担当部署からご連絡をさせていただく場合があります。
提出書類に不備等がない場合は、手続きは完了です。
※提出先からの連絡等は特段ございません。
【仕入控除税額（返納額）が０円でない場合（返納がある場合）】
提出書類を確認の上、補助金の返納に関する納入通知書を送付します。
納入通知書の記載内容をご確認の上、納入通知書に記載の期日までに返納していただきますようお願いします。
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